Heterochromatyna stanowi około 10% całej chromatyny. W komórkach ssaków znajdowana jest głównie wokół centromeru i przy końcach chromosomów. Jest najbardziej skondensowaną formą chromatyny w jądrze interfazowym. Jest nieaktywna genetycznie, tzn. chwilowo lub na stałe niewykorzystywana w procesie transkrypcji. Wyróżnia się jej 2 główne typy: fakultatywna, konstytutywna (konstytucyjna).

Heterochromatyna fakultatywna to materiał euchromatynowy, którego genetyczna aktywność została fizjologicznie stłumiona, ale w którym występują geny kodujące. Jako przykład heterochromatyny możemy dać ciałko Barra, czy pałeczki dobosza, znajdujące się w leukocytach. Ten rodzaj heterochromatyny został odkryty przez W. Taylora w roku 1960.

Heterochromatyna konstytutywna to heterochromatyna obecna w tych samych miejscach w chromosomach homologicznych. Replikuje się w późnej fazie S cyklu komórkowego.