Pires wystartował w wyborach prezydenckich w lutym 2001 i pokonał byłego premiera Carlosa Veigę w drugiej turze bardzo małą przewagą głosów. Objął urząd 22 marca. Wystartował w wyborach na kolejną kadencję prezydencką, które odbyły się 12 lutego2006 i ponownie zwyciężył z Veigą, tym razem pokonał go w pierwszej turze, również z minimalną przewagą 50,98% przeciw 49,02% dla Veigi.[1]